La minería ilegal ha contaminado las aguas y los peces en el río Cotuhé, y la villa de Tarapacá, zona fronteriza con Perú con más de 2600 habitantes del lado colombiano. Los habitantes de nueve comunidades del Resguardo Indígena Ríos Cotuhé y Putumayo hoy presentan niveles de mercurio que exceden los límites establecidos por la Organización Mundial de la Salud, según investigaciones.Pese a que se han presentado operativos militares recientes contra las balsas mineras, la falta de coordinación entre los estados colombiano, peruano y brasileño, así como la facilidad para cruzar las fronteras, ha permitido que esta maquinaria degrade el río Cotuhé, afectando a las comunidades y parques nacionales como el Amacayacu.La actividad minera ilegal se da como parte de la diversificación de las economías ilegales en las que participan los dos grupos armados dominantes en el área.
El río Cotuhé, en plena frontera de Perú y Colombia, se ha convertido en un punto que atrae a mineros ilegales que extraen oro con total impunidad. En un sobrevuelo realizado en septiembre de este año, un funcionario colombiano, que por seguridad pidió la protección de su nombre, confirmó la presencia de tres dragas operando a la vez y en plena luz del día. Un mes después, el Ejército colombiano anunció que durante un operativo destruyeron siete dragas que detectaron en el río Cotuhé y el Puré. El carácter fronterizo de este punto de la selva amazónica, donde las acciones de control son insuficientes según expertos, juega a favor de la ilegalidad y genera las condiciones ideales que “permiten y hasta favorecen al crimen organizado”, afirma Corine Vriesendorp, bióloga y directora del programa Andes-Amazonas del Field Museum of Natural History (FMNH), basado en Chicago (Illinois), EE.UU.