Pérdida de sus propiedades
A la muerte de su padre en 1580, aprovechando su ausencia, fueron invadidas unas tierras que tenía en Lomas de Chaira por labradores españoles y mitimaes indígenas de Chachapoyas. Inició entonces un largo proceso judicial, viajando inclusive hasta Lima, donde se presentó ante la Real Audiencia y consiguió una real cédula que ordenaba se le restituyesen las tierras. Este fallo no llegó a cumplirse pues Guamán Poma fue a su vez denunciado por el cacique de los chachapoyas, siendo condenado al destierro por dos años. Mediante la sentencia fechad
a el 18 de setiembre de 1600 Guamán Poma perdió sus tierras, así como su título de curaca.
Entre 1596 y 1603 realizó continuos viajes a Lima, para insistir en sus demandas de justicia y acudía también cargado de pleitos, memoriales y demás diligencias que le encargaban los indios, fijando temporalmente su residencia en la capital, donde se ganaba la vida como intérprete.
Defensa de los indígenas
Pasó a vivir a Concepción de Huayllapampa, ejerciendo de procurador y defensor de los naturales, redactando memoriales para dirigirlos al virrey o peticiones al corregidor. Felipe Guamán Poma reinició el reclamo de sus bienes usurpados y la restitución de su rango, a la par que empezó a denunciar públicamente la explotación de los indios por las autoridades civiles y eclesiásticas. Esa actitud le acarreó dificultades con los funcionarios de la Corona en la provincia y fue expulsado de ese corregimiento. En 1611 denunció nuevamente ante el virrey al corregidor de Concepción y a los doctrineros de Lucanas y Soras, en vista de lo cual fue encarcelado y expulsado.
![Crónica del Perú por Guamán Poma de Ayala](https://historiaperuana.pe/wp-content/uploads/cronica-peru-colonia-ejecucion-tupac-amaru.jpg)
Crónicas de Guamán Poma de Ayala
Cumplida su condena se refugió en el pueblo de Santiago de Chipao, desde donde escribió al rey Felipe III informándole que tenía lista una crónica general del Perú, la cual presentó en Lima al secretario del virrey, bajo el título de Nueva crónica y buen gobierno, manuscrito de 1190 páginas y 496 ilustraciones. La primera parte abarca desde la creación del mundo pasando por los incas hasta la conquista española, mientras que la segunda es una denuncia apasionada del mal gobierno de su tierra por parte de los conquistadores.
Su redacción debió iniciarse hacia 1567, pero se cree que su autor concluyó una nueva copia total o parcial entre 1611 y 1615, poco antes de su fallecimiento probablemente a los 80 años. Totalmente desconocido por casi trescientos años el manuscrito fue descubierto por Richard Pietschmann en la Biblioteca Real de Copenhague en 1908 y fue sólo en 1973 cuando salió a la luz una edición en castellano actual, habiendo aparecido después sucesivas y cada vez más acuciosas reediciones.