Más allá de los poderes conferidos, la figura y personalidad de Bolívar provocan diversas reacciones, lo que alimentó la discordia y dificultó la necesaria convivencia. Enterado del gran poder que había acumulado Bolívar apenas llegó a Lima, Riva-Aguero alimentó una oposición más bien vehemente a las reacciones tomadas por el libertador. Para él la solución al conflicto con los españoles era eminentemente política, y debía surgir como fruto del diálogo y el acuerdo conjunto. Esto llevó a Riva- Aguero a establecer contacto con los españoles, lo que facilitó su caída, a la que contribuyó su falta de perspectiva política al enfrentarse a un Bolívar poderoso.
Una vez salvado el escollo de Riva-Aguero, Bolívar adquirió mayor autoridad, incluso diversos dispositivos legales acudieron a su amparo. Hacia 1824, llevado por una creciente desconfianza, Torre Tagle reinició las conversaciones con los españoles, las mismas que hacía poco menos de un año había censurado en Riva-Aguero.
Proceso de Consolidación de Simón Bolívar
El 6 de agosto de 1824 se dio en Junín la primera batalla por la independencia definitiva del Perú conocida como la Batalla de Junín. Los patriotas participaron, bajo el liderazgo de los Húsares del Perú, con los Granaderos de los Andes y los Granaderos de Colombia. Los realistas lo hicieron con los Dragones del Perú, pero finalmente fueron derrotados por el ejército libertador.
El 9 de diciembre de 1824, en la Pampa de la Quinua (Ayacucho), se dio una batalla semejante con resultados similares conocida como la Batalla de Ayacucho, con lo cual quedó consolidada la independencia americana. A los pocos meses, como continuidad de la audiencia de Charcas, el congreso aprobaba la formación de un nuevo Estado: Bolivia.
En 1826 se aprobó la constitución Bolivariana o Vitalicia, segunda del Perú, la que constituyó otro esfuerzo por consolidar el nuevo Estado peruano. Bolívar propugnó la unidad americana mediante el Congreso de Panamá y el proyecto de Confederación de la Andes. De estos dos proyectos, el más viable e interesante a largo plazo fue el de la Confederación, que acariciaba la idea de unir Colombia, Venezuela, Quito, Perú y Bolivia bajo una misma carta magna: la Constitución Vitalicia.