El conjunto monumental que integra el Convento de San Francisco de Jesús El Grande de Lima se empezó a construir en el año 1546 y fue inaugurado en 1672, como sede principal de la Provincia Franciscana de los XII Apóstoles del Perú que regía todo el Virreinato. Está declarado como Patrimonio Cultural de la Nación. Desde 1968, el museo exhibe y conserva uno de los acervos históricos y artísticos más representativos del arte virreinal peruano, pues los fondos museográficos reunidos a través de más de 400 años por la orden franciscana en las diversas salas de exposición permanente adyacentes al convento constituyen pruebas documentales de su presencia e importancia. Así la arquitectura, lienzos de la serie de la vida de San Antonio de Asís, ornamentos litúrgicos, indumentarias religiosas, platería, menaje, entre otros, revelan la complejidad y tendencias de la época. Complementa la visita las Catacumbas del convento, cripta que consta de intrincados pasajes subterráneos donde se encuentran los restos óseos de los antiguos habitantes de Lima. Dentro de sus actividades de extensión cultural se desarrollan ciclos de conferencias, cursos especializados de conservación del patrimonio cultural, actividades como conciertos, presentaciones de teatro, danza, proyecciones audiovisuales, presentaciones de libros, entre otros.
