Al final del periodo virreinal, casi el ochenta por ciento del total de los caudales americanos provenían del virreinato de Nueva España. Sin embargo, a pesar de las pérdidas territoriales, a principios del siglo XIX el virreinato del Perú era todavía la principal posesión de la Monarquía Hispánica en América del Sur al tratarse de una de sus principales fuentes de riqueza.
Las guerras de independencia hispanoamericanas pusieron fin al virreinato del Perú. Al principio de la contienda el virreinato mantuvo su compromiso con la integridad de la Monarquía Hispánica mandando expediciones a sofocar las juntas de gobierno insurgentes que se formaron en los diferentes territorios de sus fronteras. En la primera parte de la guerra, que comienza en 1810, se produjeron conspiraciones y levantamientos autónomos peruanos que fueron sofocados por el Ejército Real del Perú. En 1820, la sublevación de las tropas que conformaban la Gran Expedición que se preparaba en España, hizo desaparecer las esperanzas realistas de recibir refuerzos significativos desde Europa.
El apoyo de las ya independizadas Provincias Unidas del Río de la Plata liderado por el general José de San Martín, permitió sucesivamente independizar la Capitanía General de Chile, y posteriormente, dirigir una expedición militar que atacaría Perú desde el Sur para lograr su independencia (declarada el 28 de julio de 1821). Tras el estancamiento de la guerra, San Martín se retiró, dejando la iniciativa al general venezolano Simón Bolívar quien, a su vez, dirigía una campaña militar contra el virreinato desde el norte, una vez consolidada la independencia de Nueva Granada.
La capitulación de Ayacucho del 9 de diciembre de 1824, por la que las autoridades virreinales reconocían su derrota y la independencia del Perú, señaló el fin del esfuerzo militar realista, aunque quedaban focos leales a la Corona en los Andes y la costa del Bajo y Alto Perú. Sin embargo, aislados y sin apoyo, los últimos reductos realistas (la Fortaleza del Real Felipe en Callao y el archipiélago de Chiloé) caerían en 1826.
